Pos eso, se me acaba de ocurrir esta pregunta; tengo una ligera idea, es decir, toman una fecha de referencia (p.ej: 1900) y luego van acumulando los segundos en una variable, no?.
Pero la preguna es: cómo sabe el ordenador cuanto tiempo es un segundo???
Como has dicho, se toma una fecha como referencia, mediante un reloj (Supongo que de cuarzo) que tiene la placa base, se establece una frecuencia que se transforma en segundos, y con la referencia dicha, se establece la fecha.