Posiblemente estas recodificando el audio al hacer los cortes.
Asegurate de que en el editor que usas, no esta activada esa opción. En el Virtual Dub (por ejemplo) sería "direct stream copy"
Lamentablemente, eso hace que a veces no puedas cortar exactamente por donde quieres, ya que cada x frames hay unos de referencia, pero prueba en todo caso como ultimo recurso a sacar el audio por separado, cortarlo y reinsertalo luego trabajando con el audio descomprimido, así posiblemente solo recodifiques una vez
