Andas algo liado. Todas esas "sustituciones" que haces al principio no son tales, sólo estás creando distintas variables y asignándoles un valor, y esas variables no tienen nada que ver con la palabra que lees e imprimes, no están relacionadas de ninguna forma y de ninguna forma van a modificar el contenido de 'palabra'. Lo que tienes que hacer es operar sobre el contenido de la variable palabra, sobre cada caracter.
palabra = input()
for c in palabra:
#c es un caracter distinto en cada iteración, haces lo que quieras con él
Para modificar los caracteres te aconsejo que mires las funciones ord() y chr().
Para sustituciones más complejas se suele usar expresiones regulares.
