Haber en primer lugar que placa base tienes y en segundo lugar no importa como pongas las unidades, con respecto la faja. Lo que tienes que tener en cuenta es poner uno de los discos duros como maestro y el otro como esclavo y las unidades las pones por otro lado, asi lo haria yo. De esta forma la transferencia de datos entre discos duros sera mayor(supongo que usaras SAMBA para intercambio de archivos).
Tambien has de saber que el sector principal de arranque tiene que estar en el mismo disco duro en el que instales linux . Esto no es necesario pero te evitara problemas de configuracion posteriores. Te recomiendo que antes de nada ...formatees los discos duros a bajo nivel o con fdisk(utilidad que viene en win98) de esta forma te pelas el sector de arranque (MASTER BOOT RECORD) que ya hay escrito y no te dara errores o cargas falsas.
Si no me he expresado bien dimelo. Saludos
