El tema es si vas a clonar una partición o el disco entero.
Es decir, la imagen de clonado es de todo un disco o de la partición?
En caso de clonar un disco evidentemente te lo formatea, en caso de clonar una partición no tendría que ser necesario (solo debes tener el espacio suficiente libre en el disco sin asignar), pero si es la del sistema lo más normal es que no te arranque (se suele utilizar más para particiones de datos) ya que en el proceso de instalación el SO se suelen crear particiones adicionales para el sistema.
