El problema, es que tienes 2 dispositivos que normalmente van al mismo sitio... Yo la electrica, la conecto a la entada de micro, y va de lujo, y como tengo dos entradas de micro, pues solucionado.
La otra opcion, es que conectes la guitarra al ampli, y si tiene salida de cascos, de esa salida a la entrada de linea de la tjta de sonido. Asi podrias tener las dos cosas a la vez.
Yo usaba el sound forge, pero tambien te digo que yo grababa guitarra y voz a la vez.