Gracias, alf inal lo que he hecho ha sido copiar el archivo que tenia como xorg.conf.new en el xorg.conf (usando sudo gedit /etc/x11/xorg.conf y copiando el texto de uno en el otro) he reiniciado y el mensaje de error ya no sale (carga el escritorio directamente). La gran duda es si lo que he hecho es una chapuza que a la larga me causara problemas o es una solución valida.
Muchas gracias por la ayuda.