Hombre, esa configuración que dices en s939 te saldrá bastante más cara, aunque deberías tirar hacia el 3500+ ya que el 3400+ creo que no existe.
La diferencia entre tener dual channel o no tenerlo tampoco es tanta, y la diferencia de precio por contra sí.
Lo único realmente bueno en el s939 es que te toque un winchester que se deje subir fácilmente, pero claro eso es una loteria si no te permiten ver el stepping antes de pagar. El s939 es otro socket de transición como pueda serlo el s754, el año que viene nos llega el M2.
Yo, ante la pregunta que haces sobre ese equipo, te diría que me parece perfecto excepto por la placa, buscaría alguna con el chip nForce3 250GB.
Saludos.