Si el PC es del 2001, para mi que no llevará serial ATA. De todas formas, si nos dices el modelo te podremos contestar con más seguridad. La diferencia entre ambos, a simple vista, es un conector de datos mucho mas estrecho (1/6 o por ahí) y una toma de corriente distinta también. En teoría alcanzan una velocidad de transferencia más alta... pero sólo en teoría

en la práctica van igual.
A ver, la BIOS va en la placa base, no en el disco duro, con lo que si actualizaste la BIOS, no lo vas a perder con el cambio de disco. Y los datos, pues te recomiendo una cosa:
Compra el disco duro nuevo, instala todos los programas que necesites y dejalo listo para funcionar. Después, desconecta el lector de CDs/DVDs y conecta en ese cable el disco duro viejo (ojo con lo de maestro y esclavo) y pasa todos los datos que necesites o quieras conservar al disco duro nuevo. Cuando acabes vuelves a conectar el lector de CDs/DVDs y solucionado.
Si por algún motivo no puedes o no tienes el CD del sitema operativo, pues dejas el disco viejo, y el nuevo lo pones en lugar del lector. Y con un programa tipo "Norton Ghost" clonas tu actual unidad de window$ al disco duro nuevo. Finalmente, quitas el disco viejo y pones el nuevo en su lugar y conectas la unidad lectora.
Espero que te sirva de ayuda esto que te comento. Ah! se me olvidaba. Para tener un disco de más de 128GB, has de tener instalado el Service Pack, sino no te reconocerá la capacidad total del disco nuevo.
Saludos!