Lo primero que intentaría es regular la velocidad del ventilador por software, pero si la gráfica es ruidosa de por sí poco vas a poder hacer a no ser que sólo la uses para ofimática y navegar, ya que cuando se caliente el ventilador se va a poner a funcionar igual...
Si después de probar la regulación por software no te convence el resultado miraría algún disipador aftermarket, tienes de marcas conocidas como Artic Cooling, Scythe... todo es cuestión de mirar uno que sea compatible con tu gráfica y se ajuste a tu presupuesto.