Los datos los deberías de tener en la carpeta \users\<usuario> del disco duro, de no ser que los hayas guardado en otra ubicación. El resto lo puedes borrar tranquilamente.
Tendrás, eso sí, que jugar con los permisos para poder acceder a leer y/o borrar las carpetas protegidas. Para acceder a leer tus datos, usaría el Explorador de Windows. Para borrar el resto, usaría una distro de Linux, ya que obvia los permisos.
