Para no perder datos en el disco duro donde tienes el windows, lo que puedes hacer es lo siguiente:
Con el Partition Magic u otro gestor de particiones, creas una en el disco donde tengas el windows, del máximo tamaño que puedas, y mueves a esa partición los archivos que quieres conservar, así, cuando tengas el ordenador nuevo, en lugar de tener que formatear todo el disco duro sólo tendrás que hacerlo con la partición donde tengas el windows y tus datos se habrán salvado. Eso sí, los programas que tuvieras tendrás que reinstalarlos de nuevo.