Yo, desde los tiempos de MSDOS, uso el Comandante Norton, que ahora es Total Commander.
Existe una versión de pruebas, 100% funcional, que sólo incluye una ventana al principio para que pulses 1,2 ó 3.
Este programa sustituye totalmente al explorador de Windows (tanto, que cuando estoy en un equipo que no lo tiene, tardo 10 veces más en hacer las cosas), e incluye entre otras cosas, una opción de sync entre dos carpetas de tu equipo. También incluye un cliente FTP, y permite hacer plugins para muchas cosas (como por ejemplo, usar los ficheros .ADF del emulador de Commodore Amiga como si fueran un disco de PC

).
Lo que yo hago es poner en un panel el disco a ser copiado, y en el otro panel el sitio dónde tengo la copia anterior. Luego le digo que compruebe cambios, y que los iguale. Y ya está, así de simple.
Pruébalo. Una vez lo uses, ya no podrás volver a usar otra cosa

Un saludo.