Siendo administrador de tu propia red local puedes como bien dices, bloquear el acceso al P2P desde cada PC mediante el uso de algún firewall. La cuestión que nos planteas no es tan difícil.
Lo primero que debes hacer es asegurarte de que tienes abiertos todos los puertos necesarios para la exclusividad de redes http y como mucho ftp. El resto de puertos comúnmente utilizados por eMule, Kazaa, Bit Torrent, Ares, etc. bloquéalos.
En resumen, sólo permite que se abran aquellos puertos imprescindibles para desempeñar las tareas que deseas que se desempeñen.
Espero haberme explicado bien.
Un saludo.