El principal peligro de las baterías con litio (véase, Li-ion, Li-po y demás) es que cuando se someten a sobrecargas o sobredescargas, los cristales que forman el compuesto de dicha batería aumentan de tamaño, llegando a producir cortocircuitos a nivel interno, lo que provoca los consabidos incendios e incluso explosiones en este tipo de baterías...
Probablemente en tu caso al manipular la batería hiciste que los cristales del compuesto se "tocasen" entre sí aún más, hayan aumentado el cortocircuito interno y por consiguiente la batería se haya empezado a calentar si aún le quedaba algo de carga. Ahora mismo, como bien dices, ya se debe de haber disipado la poca carga residual que le quedase a la batería, por lo que ya ha comenzado a enfriarse.
Es por esto que los fabricantes de equipos a baterías son tan sumamente "pesados", ya que aunque no lo parezca, una batería del tamaño de las de los teléfonos móviles puede explotar como si fuese un petardo de los gordos. Yo las he visto estallar, digamos, en "explosiones controladas" (cosas raras que le da a uno por hacer cuando no tienes nada que hacer en el curro, y acceso a baterías, fuentes de alimentación, cables, condensadores, componentes electrónicos, cuchillos, objetos punzantes...
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) así que mucho cuidado con estos trastos, compañeros!