El problema que le veo, a priori, es que un todo en uno no podras hacer una apliacion de hard en el caso hipotetico de que quisieras mejorarlo, es tal cual, como un portatil, y bueno, si se puede ampliar, pero saldria mucho mas caro que en el barebone, en este caso.
En el caso que comentas, es mas potente el barebone y si tienes monitor eso que te ahorras para poder hacerte con uno bastante decente, el i7 mas una grafica potente mas un ssd veras que vuela el bicho, sinceramente, para mi, de las dos opciones que comentas, es la mejor.
D , aun sigo barajando opciones... 