mediacoder es lo que necesitas pero toma en cuenta que depende mucho de la PC que tengas y la cantidad de programas o procesos que tengas en segundo plano, asi que cuando codifiques ten abiertos o funcionando la mnor cantidad de programas. De igual forma puedes codificar primero video que es la parte mas pesada y despues el audio y multiplexarlo despues para unirlo, con media coder puedes hacerlo igualmente desde la pestaña audio y video seleccionando "COPIAR AUDIO", "COPIAR VIDEO", ya solo eliges el contenedor que gustes -AVI, MKV, etc- y pulsas el boton start y tendras la cadena de audio y video en un solo archivo sin recodificar.
