En el directorio donde estaban las carpetas que han desaparecido, pulsa 'Organizar' (arriba, a la izquierda) y luego 'Opciones de carpeta y búsqueda'.
En esa ventanita selecciona la pestaña 'Ver' y en 'Configuración avanzada' activa la opción 'Mostrar archivos, carpetas y unidades ocultos'.
Cuando veas las carpetas, basta con que desactives la opción para ocultarlas que activaste antes.