Lo que yo he hecho a partir de las explicaciones del primer comentario:
0. En mi principal sd tengo la sysnand 9.2 y emunand 9.5 separadas. Después tengo otra sd con la que voy probando cosillas.
1. En la sd de pruebas tengo también una emunand hecha y separada (la misma que la sd principal), pero probando rxTools la tenía en 9.6. Por tanto tenía descargada la última actualización de Pokémon X. Con rxTools extraigo el ticket.db de esta emunand y con FunkyCIA creo el cia del update.
2. Restauro en la sd de pruebas la emunand 9.5 de la que partí para la 9.6 e instalo el update con FBI. Se lo traga, lo que quiere decir que "está firmado" con mi emunand (el devmenu instala todo, el FBI solo lo que te pertenece o cias legales). Pruebo a jugar al Pokémon X en classic mode o con rxTools y el juego no se traga el update. En cambio el update aparece en ajustes, contenido de la sd (o como se llame xD)
3. Inyecto el ticket.db (extraído en el paso 1) en la emunand 9.5 y pruebo a jugar.
4. Y tachán funciona.
Este ejemplo serviría para vuestros casos, pues yo trabajo con dos emunand que son iguales y vosotros tenéis sysnand y emunand linkeadas. Supongo que con que le haya funcionado al compañero con la versión 2.4 de rxTools quiere decir que habrá hecho todo el proceso de nuevo con esta versión. Pero hay que tener cuidado con usa cosa, y es que hay usuarios reportando que extraer al ticket.db con esta nueva versión la emunand se casca y tienen que restaurarla de nuevo.
