Linux suele instalar su propio gestor de arranque, suele tomar el control del arranque del ordenador.
Lee el resto de opiniones, porque igual son más sencillas que las que te propongo.
En primer lugar entra en la BIOS de tu ordenador, y pon como primera unidad de arranque el CD. Sal guardando los cambios.
Introduce el CD de instalación de Windows y reinicia. Cuando aparezca un mensaje que te dirá que pulses cualquier tecla para iniciar el CD haz lo que dice. Empezará la instalación de Windows.
Para asegurarte de tener el disco duro bien limpito, elimina las particiones y formatealas en NTSC.
Instala en la unidad el SO y no habrá problemas.
Un saludo.
