Hola, por lo q entiendo quieres arrancar tu pc con el disquete de win98 para formatear el Hd, si es así tienes q entrar en la bios y asegurarte de q el orden de arranque del pc sea 1º disquetera y luego Hd. Cuando arranques con el disquete metido este se autoejecutará y te dará la opción de arrancar con/sin cd-rom... si te dijera algo de "disco incorrecto cámbielo y presione una tecla" o similar es q el disquete está defectuoso y no es de arranque.
Por cierto, si el disco a formatear está formateado en NTFS el disquete de Win98 no te lo reconocerá y no podrás formatearlo directamente pero con fdisk rompes la partición y creas otra nueva q luego formatearás al instalar el SO.
Espero haberte ayudado, Salu2