A ver, normalmente cuando instalas windows, el carga unos controladores de tu hardware que a no ser que los desinstales del administrador de dispositivos estarán ahi siempre... por lo tanto, cuando inicies windows desde un hd de otro pc en el nuevo pc, o una de dos, o no pasa nada y funciona correctamente o simplemente da pantallazo azul porque ha visto cambio de hardware y lo que tiene instalado no es compatible con lo nuevo.
Por lo tanto, coge el disco duro nuevo, lo pones en AHCI desde la bios, instalas windows, pones el HD viejo, en la bios seleccionas el HD nuevo para que haga el boot, y entonces en windows podrás acceder a todos tus datos del HD viejo, lo copias todo al HD nuevo (los datos relevantes, ni windows, ni programas instalados, ni cosas de esas) y si quieres lo formateas una vez copiado todo para volver a pasar los datos al disco duro viejo y tenerlo de almacenamiento.