Pues me parece que como no uses el windows 98, no vas a poder tener ese espacio, porque el win2000 también se lleva como 700MB.
Lo del sistema de archivos NTFS no es necesario para que puedas hacer todo lo que quieras hacer, tan sólo afecta al rendimiento, porque en FAT32 (una vergüenza de sistema de archivos) se "ordenan" los datos en los huecos y provoca la fragmentación del disco, mientras que el NTFS es un sistema más optimizado.
Byes.