Es absurdo que tengas ambos Sistemas Operativos (32bits/64bits) instalados simultáneamente a no se que tengas algo muy muy específico que sólo funcione con el SO de 32bits. Lo mejor que puedes hacer es extraer todos los datos de uno y los pasas al otro. O incluso te recomendaría que sacaras toda la información del de 32bits, que es donde tienes todo, formatearas ambas particiones y dejaras sólo el de 64bits.
En cualquier caso, respecto a tu problema, no sé si el propio DVD de instalación Windows 7 es capaz de detectarte ambas instalaciones dado que cada DVD de instalación es específico para cada instrucción (32/64). Prueba a meter el DVD de instalación primero el de 64bits y luego el de 32bits y a darle a reparar equipo. Si te detecta ambas instalaciones seguramente te reparará el inicio; de no ser así tendrás que hacerlo de manera manual o instalando otro sector de arranque.