Si te salta un kernel panic es posible que sea porque no mantienes el orden de las particiones y init no encuentra la partición / Simplemente tendrias que corregir el fstab. Si usas lilo, tambien estaria bien que lo volvieras a refrescar, por si las moscas
De todas formas, no vero la necesidad de usar una aplicacion como partition magic, le tenia poca confianza a lo que hacia con las particiones de win, con las de linux no me lo quiero ni imaginar. Usa parted o cualquier otra herramienta de linux desde un liveCD y punto. A lo mejor no son tan bonitas como el PM, pero todo es perderle el miedo.
Saludos