Joer pues ya lo he logrado. La cosa es que no se porque el dichoso modo multiventana no me funciona. Lo tiro en modo rootless y ya está.
Es cambiar
run XWin -multiwindow -clipboard -silent-dup-error
por:
run XWin -rootless -clipboard -silent-dup-error
El .sh ya lo había probado y me pasaba lo mismo. La idea era que quería tenerlo sin windows mánager para que no se note que estoy en cygwin pero cargar igual las aplicaciones.
Supongo que wmaker es demasiada carga para gestionar unicamente la decoracion de las ventanas así que tiraré de fvwm2
)
