Lo que has desactivado solo es el icono, la batería sigue ahí, funcionará y cargará sin problemas.
Deberías ser más especifico a lo de "apagar" porque yo interpreto que es en sentido de desconectarla de forma que no suministre nada de energía y que esté totalmente sin carga con la idea de guardar ese portátil que no se usará nunca mas.
Si es eso, a mi me pasa lo mismo con el viejo smartphone, es integrada y no puedo sacarle. En el smartphone no puedo hacerlo sin herramientas por lo que o voy a una tienda especializada a que la saquen pagando unos 40€, o bien descargo la batería por completo que ya ni encienda el smartphone y luego ya si lo guardo, la batería quedará totalmente muerta después de varios meses sin recibir carga pero me da igual ya que está en las últimas, ahora su carga está clavada en un 70% y no se mueve de ahí, tanto si intento descargar como cargar, por ello la dejare descargando hasta que se apague y no vuelva a encender. Sin carga la batería es segura, es decir, no hay posibilidad de que se pueda hinchar y explotar.
En el caso del portátil es lo mismo pero se puede desmontar y desconectar de la placa base, con un destornillador Phillips o lo que haya usado el fabricante que puedes comprar por un euro si llega por tiendas online, lo desmontas, desconectas la batería y lo montas, eso si, no sé si se puede usar sin batería el portátil, en sentido de solo cargador, los viejos sé que se puede porque las baterías son extraibles, pero los de ahora, ni idea, sé que una vez a una tablet le quite la batería que estaba hinchada, le puse el cargador pensando que se podría usar sin la batería y el controlador que se encarga de la gestión de la carga exploto.
Si es para guardar por un periodo largo y usarlo después, en ese caso no hace falta agotar y desconectar la batería, en este caso es mejor dejarla en un 60 - 80% de carga e ir verificando su estado cada 2 - 4 meses, donde se recomienda descargarla, cargarla por completo y dejarla nuevamente a un 60 - 80% para que no se muera.