Bueno los Core 2 Duo tienen cache L2 compartida y conexion directa entre sus
cache L1
Al pasar a quad estos se unen entre si por un bus como el que se usan en los socket multiples. (creo que usan un bus algo más rápido en segun que modelos)
Pero esa conexión es mucho más lenta que la que tiene los dos cores de cada encapsulado
El hacerlos como chip independientes simplemente es más barato.