Pues dependiendo de si el parche es un "*.ips" o "*.ppf" tienes que buscar el programa que aplica los parches; si es ips, busca el ipswin, i si es ppf, el ppf o'matic. Supongo que los puedes encontrar por el google, pues no son ilegales ni nada por el estilo.
En cualquiera de esos 2 programas, los ejecutas, seleccionas el fichero que quieres parchear, el parche que quieres aplicar, y le das a apply, go, do o lo que ponga.