No se trata de formatear el disco duro, se trata de reinstalar windows.
Tenéis que aprender a hacer una partición con windows de unos 6-7gb, y dejarla sólo para windows, actualizaciones y codecs, e instalar los programas, las descargas y demás cosas en la otra/s particiones...así nunca tendréis problemas de pérdidas de datos y podréis formatear cuantas veces queráis.