A mi me paso algo parecido hace poco, pero fue un problema con el lilo, que es un gestor de arranque para windows y linux. Pero vamos, que un sintoma de un arranque jodido, asi que coje y reinstala windows, pero encima del que tienes, el mismo se encargara de establecer todo bien.
Si bien sigues teniendo problemas, puede ser que ese hd este algo jodido, compruebalo con checkdisc, para ver los sectores defectuosos que tiene....