En teoria, siempre deberia afectar, lo que sucede es que el programa no bloquea todos los activex, solamente los que tiene almacenados en una lista negra (actualizable) que son perjudiciales.
Yo hasta ahora, en año y pico, nunca he tenido ningun problema de visualizacion. Pero en caso de tenerlo, basta con deshabilitar la proteccion.