Doy por hecho que cuando compraste tu ordenador, te vino con un DVD o un Cd de recuperación también.
En teoría si, si formateas esa partición, perderías los posibles ficheros de restauración que tenga tu ordenador, y posiblemente ese Cd o DVD que te venía con el Pc no te funcione adecuadamente.
No se que tipo de ordenador ni de que marca es, ni tampoco como trabaja dicha marca a la hora de instalar configuraciones de restauración de Windows. Casi que la mejor opción que tienes, es llevarlo a la tienda y que te vuelvan a duplicar el disco duro para que vuelvas a tener tus ficheros de restauración en condiciones.
Por otro lado, debes borrar ese windows cuando no lo estés usando, y si así no te deja, es mejor formatear, pero la coña es que deberías formatearlo entero (las dos particiones) o formatear la unidad de restauración y editar los ficheros de arranque de windows.
Si lo ves complicado, es mejor que hagas lo que te he dicho al principio de todo.
