Si entiendo bien, desde Windows no puedes ver el disco duro en el que está instalado Ubuntu, ¿no? La partición o particiones de ubuntu probablemente estarán en ext3 o ext4, y Windows no es capaz de manejar ese sistema de ficheros.
Si quieres mantener Ubuntu, hay algunas herramientas pasar usar ext2 desde Windows, no sé si ext3 y ext4 también. Si te quieres cargar Ubuntu sólo tienes que usar algún programa de particionado y eliminar esas particiones y hacer una en ntfs para Windows. Seguramente desde el administrador de discos de Windows puedas.