Bueno, lo prometido es deuda, así que voy a ir modificando este post con el tutorial para flashear el bootloader, y ya trabajar con él, sin necesidad de volver a conectar el dongle al programador.
Lo primero de todo, vamos a configurar el PonyProg, para que haga el ciclo de grabación como debe de ser. Para ello, vamos al menú "
Command" y ahí a la opción "
Program Options", marcamos las opciones que muestro en la imágen y le damos a "
OK", así hacemos el ciclo completo correctamente (borrado, escritura, programación de bits de configuración):

Con eso marcado, más tarde, cuando queramos programar el chip mediante el programador que tenemos por puerto paralelo y que siempre haga el ciclo completo (borrado, escritura, programación de bits de configuración), a la hora de grabar hay que usar el botón del menú que contiene una flecha amarilla:

Bueno, ya tenemos el PonyProg configurado. Hasta aquí es casi igual que antes, pero con el ciclo de borrado, y metiendo los bits de configuración, que hasta ahora no habíamos tocado, pero para el bootloader son necesarios.
Con los bits de configuración hay que tener cuidado, así que seguid el manual al pie de la letra.
Continuamos con el bootloader.
Ahora, descargamos el hex del bootloader que he modificado partiendo del
código original del BootloadHID. Más adelante pondré el fuente con las modificaciones necesarias para estos dongles, y algunos cambios que he metido propios, como que parpadeen 5 veces los 2 LEDs para indicar que estamos en modo progamación.
El hex ya modificado del bootloader podéis bajarlo de aquí:
http://www.sendspace.com/file/pg6rqqBien, ahora vamos a programar el bootloader en nuestro querido dongle. Para ello, conectamos el dongle al programador y el conector USB como hemos hecho hasta ahora, abrimos el PonyProg, en el PonyProg abrimos el hex del bootloader (meidante la opción "
Open device file"), y ahora viene el paso más importante: los bits de configuración.
Para configurar dichos bits, le damos click al
botón con el candado de la barra de de botones (Security and configuration bits), y marcamos los que aparecen en la imágen:

SPIEN es el de habilitar la programación SPI (la nuestra)
JTAGEN es para habilitar la programación mediante JTAG (por si acaso...)
BOOTxxxx son par aindicar donde empieza el código de nuestro bootloader y para habilitarlo
BootLockX son para proteger el bootloader en la programación por USB (está por ver que pasará si el hex que grabemos llega a la posición del bootloader... es de suponer que no lo machacará con esos locks, pero hasta que no se de el caso...)
Una vez marcados esos bits de configuración, no os olvidéis de dar a
OK para que los mantenga a la hora de programar el dongle.
Pues bien, estamos listos para grabar. Como ya he dicho antes, hay que grabar mediante el botón de la flecha amarilla de la barra de botones, y con ello ya programa el chip y graba los bits de configuración que hemos marcado.
Una vez grabado, desconectáis todo, que ya casi estamos

Ahora viene la parte hardware. Los que teníais hechos los mods para dejar accesibles los test points, lo tenéis chupao. Sólo hay que hacer un puente con un cablecito entre los pines correspondientes a
GND y MOSI (si alguno quiere cambiar MOSI por otro, lo podrá hacer mediante el código fuente cuando lo postee, pero no veo la necesidad, y a las virguerías que luego quiera hacer cada uno, yo no las daré soporte si vienen dudas y/o problemas).
Un ejemplo de como queda el dongle con los pines accesibles y el puente, que ya posteé previamente:

Una nota importante a tener en cuenta es que el puente debe ser permanente, así que debe ser un jumper, un switch o similar. Si ponemos un botón, deberemos mantenerlo pulsado. Lo del cablecito es lo más sencillo. Yo uso los conectores de los pines de configuración de las placas base (USBs, leds de actividad, etc...).
Ahora vamos a descargar la aplicación para flashearlo de aquí:
http://vusb.wikidot.com/project:hidbootflashEn esta aplicación no hay que tocar nada. Los parámetros por deefcto del ProductID y del VendorID son los que usa el bootloader.
Bien, vamos a programar el dongle entonces.
Lo primero, hacéis el puente en el dongle mediante el cablecillo, jumper, interruptor, o lo que hayáis usado, y lo pincháis en un conector USB del ordenador. Si la programación mediante el PonyProg ha sido correcta, ambos LEDs del dongle deben de parpadear a la vez durante 5 veces.
Una vez conectado y tras comprobar que los LEDs han parpadeado 5 veces, podéis abrir el HIDBootFlash si no lo teníais abierto, y le dáis al botón de "
Find device". Si todo es correcto, os mostrará una pantalla similar a esta, en la que en el campo manufacturer pone mi nick xD Además debe de poner "
HIDBoot detected". Estoy viendo que con el NeoJB salen un par de errores ahí, que con el clon del PSJB no salen, no sé porque será, pero funciona perfectaemnte y se deja flashear sin errores.

Si os ha salido eso, el dongle ha sido reconocido perfectamente, y estamos listos para flashearlo.
Os pongo aquí un Hermes v4b compilado por mi partiendo de los fuentes de
ixhundred que ya tiraba de V-USB y que sólo he tenido que modificar para adaptarlo a nuestros dongles con los pines correctos, y cambiar algunas cosillas para que funcione en el ATMega16A, ya que esos fuentes son para otros chips, y tal cual están no compilan para el nuestro. También colgaré los fuentes en otro momento, pero antes quiero ver si hago funcionar también el PL3 y el PSGrade.
http://www.sendspace.com/file/upga0vSeguimos con el flasheo entonces. Una vez nuestro dongle ha sido correctamente detectado por el HIDBootFlash, cargamos el fichero hex que queremos grabar mediante el botón "
Open .hex file" y lo programamos con el botón "
Flash device".
No marquéis el chekbox de "reboot AVR".
Una vez finalizado el proceso, obtendréis un log similar a este, diciendo si lo ha hehco bien, o se han producido errores:

Si no os habéis encontrado con ningún problema (si habéis seguido el manual al pie de la letra, no debería producirse problema alguno), ya podéis ir corriendo a probarlo en vuestra consola

Funciona!
Dudas, preguntas y sugerencias aquí. Si me queréis invitar a una birra... en la
web "oficial" del proyecto en inglés (aún sin actualizar).
En cuanto haya novedades respecto al PSGrade o el PL3 seréis los primeros en saberlo.
Saludetes!
EDITO:Señores... con todos ustedes, PSgrade para nuestros queridísimos dongles

Pone la consola en service mode perfectamente
http://www.sendspace.com/file/i97v4dY por supuesto, flasheado en el dongle directamente por USB, nada de cables !