Las clases disponibles para Alienation corresponden a tres diferentes especializaciones de los soldados de infantería mecanizada UNX, elegidos para hacer frente a la amenaza alienígena que arrasa nuestro planeta. Todas ellas cuentan con un arma primaria única, tres habilidades mejorables activas y otras tantas pasivas.
Cada una de las especializaciones, que son el Tanque, el Bioespecialista y el Saboteador, se diseñó pensando en un estilo diferente de juego, de forma que las partidas para cada participante sean distintas dependiendo de su elección y la composición de los grupos en un asalto cooperativo tenga un efecto similar. Dado que la modalidad multijugador permite entrar y salir del grupo a sus integrantes en cualquier momento, se fomenta la diversión en sesiones cortas de juego y la variedad en las largas.
La Bioespecialista aprovecha su generador portátil de nanomáquinas (!) para llevar a cabo devastadores ataques de área que en el caso de la nube venenosa se mantienen un tiempo en activo, así como para curar a todo el grupo. Para salir de situaciones delicadas dispone de una habilidad de carrera que la traslada de forma casi instantánea.
El Tanque sólo puede alejarse de la batalla lentamente, pero en la mayor parte de los casos no tendrá que hacerlo ya que dispone de un eficaz escudo de energía que además puede cubrir a sus compañeros. Sus habilidades de ataque incluyen un impacto en el suelo que genera grandes daños de área y un rayo tesla que "abre camino" en línea recta entre los enemigos.
Por su parte, el Saboteador es rápido, puede teletransportarse y volverse temporalmente invisible ante los enemigos, y dispone de una espada de plasma para devastadores ataques cuerpo a cuerpo. Cuando sus armas no son suficientes para sacarlo de un aprieto, puede solicitar un ataque de artillería sobre los que lo rodean.
Tanto las habilidades activas como las pasivas pueden actualizarse con puntos obtenidos mediante nuestro progreso, dando en cada ocasión una alternativa entre dos posibles mejoras. Para los casos en los que nos arrepintamos de alguna decisión pasada, al contrario que en muchos otros títulos el juego nos dará la posibilidad de reconfigurar en cualquier momento los puntos gastados.
