Para mí el mejor de esos tres es Twilight Princess, pero los mejores siguen siendo los de Nintendo 64.
Windwaker es el mejor en cuanto a secretos, ambientación, banda sonora, personajes y escenas épicas; pero jugablemente no aporta mucho (algún ítem interesante como la hoja Deku y poco más). También le pasa factura la escasez de mazmorras y su complejidad. Cosas como que te den el tercer orbe sin mazmorra mediante, la búsqueda de la trifuerza o la repetición de los jefes finales le hace bajar muchos puntos.
Twilight Princess tiene las mejores mazmorras (más cantidad y más calidad que los otros dos juegos), no va mal servido de escenas épicas y tiene un sistema de combate que va mejorando a lo largo de la aventura (es lo único que hecho en falta en el combate de Skyward Sword). Tiene también, para mí, la mejor primera parte de la saga. El juego hasta acabar la tercera mazmorra es una pasada, pero a partir de ahí las cosas se aceleran y las mazmorras se suceden con mucha rapidez. No lo recuerdo muy bien porque lo jugué cuando salió, pero creo que eran unas 20 horas hasta la tercera mazmorra y luego otras 20 hasta el final (otras 6 mazmorras). En esas últimas 20 horas pasan algunas cosas que me chirriaron bastante (el cañón para ir al desierto, el kuko dorado, el nuevo templo del tiempo, la búsqueda de los buhos, la pequeña Celestia, el diminuto mundo del crepúsculo, Gorokong excavador, los sheika del far-west...) que también le hacen bajar mi valoración.
No puede evitar sentirme decepcionado con Skyward Sword. En lo único que es superior al resto de títulos es en el sistema de combate (que podría haber sido aún mejor como he mencionado antes) que era lo mínimo exigible. Tiene las peores mazmorras, el peor mundo, muchos personajes olvidables, infinidad de ideas desaprovechadas, un aborto de control para bucear... El juego va increscendo poco a poco durante su primera parte hasta el final de la tercera mazmorra. A partir de ahí se desinfla y empiezan a meter relleno por todas partes. Sólo las nuevas visitas al desierto se salvan una vez más. El juego dura 35-40 horas pero lo sobran más de la mitad. Los exteriores-mazmorra no compensan el destrozo que han hecho con todo lo demás.
Es curioso como en todos los Zeldas las segundas partes siempre pierden en comparación a la primera. El único que se salvaría sería Majora's Mask, pero este tiene un desarrollo muy diferente al resto.