Mira, si has hecho varias lecturas completas de tu nand directamente con el nandpro antes de tocar nada (nand originales) y las has comprobado y están ok, entonces procede a meter la nand original en el programa Freeboot toolbox maker 2.4 rev3 y de ahí te creará el archivo que luego debes meter por el nandpro para instalar el rebooter. Una vez creado el programa con el cerdito, inyecta a ese archivo resultante, tu kv original y de ahí ya le flasheas ese archivo a través del nandpro.
En cuanto al error del nandpro que no la puede leer ... está bien claro, habrás escrito mal el nombre del archivo que quieres flashear ... cerciorate bien de como estás ejecutando el comando para flashear ese archivo en la xbox ... si sigue igual, ponnos una captura de pantalla con dicho error o escribe aquí el comando tal cual lo escribes

He hecho lo que has puesto en el primer apartado con los siguientes comandos:
primero pasar por el cerdito la nand original, no ha dado fallo, la e llamado cerdito.bin
2º inyectar el kv a la nand modificada con cerdito 2.4rev3: nandpro cerdito.bin: -w16 kv.bin 1 1 (con el kv q hice anteriormente y que tenia probado)
3º borrar la nand: nandpro.exe lpt: -e16 0x000000
4º escribir la nand pasada por el cerdito y con el kv inyectado: nandpro lpt: -w16 cerdito.bin 0
Ahora la consola sale como con la nand original (pero con la version 2.0.9199), aunque imagino que metiendo en el pendrive los programas ya podre instalar cosas pero no se como ya uqe los tutoriales dan por hecho que a partir de un programa que deberia tener cargo el resto.
A ver, lo primero aclarar que el xbr es ya un dash de Microsoft modificado (es decir, no son las letras blancas sobre el fondo azul que es el xell o el xellous). El Freeboot es el sucesor del xbr, pero en principio es lo mismo (lo digo porque dices haber metido el xbr entonces ya te tendría que salir el dash oficial y desde ahí hacer lo que quieras).
Respecto a programar directamente el Freeboot en teoría no debería haber ningún problema (no lo he probado tampoco). ¿No te dice ningún error el Freeboot ToolMaker? ¿Qué comando utilizas en el nandpro para escribir? ¿Qué error te da? En principio al nandpro le debería dar igual lo que escribiese, sólo coge bytes y los pasa por el puerto paralelo, comprueba que tengas todos los derechos y que el archivo esté con el nombre exacto (y evita rutas con espacios).
Por otra parte es normal que las copias que salgan con el Freeboot sean diferentes, o al menos a mi también me pasaba (y estuve también bastante mosca por eso). Comparando los archivos se ve que siempre está la diferencia en los mismos sectores. Al final lo dejé pasar, no me quedó claro porque era, supongo que habrá algún dato aleatorio o algún sello temporal que haga que difiera esos sectores.
Por último si has conseguido meter bien el xbr después desde ahí tienes más opciones para meter el freeboot (con el Flash360, desde el xell o xellous,...). Yo también tuve problemas con una consola para que xell pillase la actualización del xellous por usb, pero se la metí en un dvd y la pilló sin problemas.
Gracias a esto ya me voy aclarando de que deberia salir por pantalla en cada paso del tuto.
El Freeboot ToolMaker cuando tenia que pasarle el xbreboot con la config y los kv inyectados me decía lo siguiente:
critical error
The kv.bin was not derypted properly.
the cpu key does not match the dump.
En cuanto a que comandos utilice, no te lo se decir exactamente porque cogi los que vi y los modifiqué según que quería hacer, pero a partir de ahora voy escribiendo aqui todos los comandos que utilizo para mas detalle.
Flashea desde Xellous la imágen que te ha creado el cerdito

(para ello deja en en la raíz del usb dicha imagen con el nombre de updflash.bin [aunque yo personalmente hubiera creado la imágen del freeboot manualmente, pero bueno

]), pero asegurate de tener una copia válida del KV y del config antes de hacer eso!!!
El problema que tenia es que para pasar de xell a xellous necesito o pendrive o cd, y con la newxell.bin escrita en la consola no me lee ni 3 pendrives que probe ni 1 cd justo en el paso de meter el fichero en pendrive o en cd y renombrar ese fichero para pasar de xell a xellous.
Gracias a todos por la ayuda, a ver si con lo que me comento "ungrillao" que parece que ya sale el dash, a partir de ahi se puede hacer algo.