Primeras dudas que tengo, como creo mi propio archivo *.bex de la imagen que yo quiera usar como fondo o sprite?
En la primera parte del tutorial veo como compilar el fondo obteniendo un *.bin, luego dices que abramos el archivo 2.bex, nos dices que lo cerremos y abramos 3.bex. Como compilo todo en un *.bin?
O te entiendo mal, o tu te cofundes. No hay problema, explico rapidamente. Los diferentes archivos *.bex son diferentes en si, cada uno mostrando un progreso diferente de nuestro "sonic"
Si lo que quieres es poner un fondo + un sprite, es simple
Abre el Basiegaorxz, y crea un nuevo documento, no hagas nada
Despues creas el archivo bmp de 16 colores, con un tamaño de 32x32 pixeles maximo, para el sprite
Luego en el imagenesis, 
MODE --> Drawing in the Y... (sprite) y si quieres selecciona un color de transparencia
ACTIONS --> Quantize now
ACTIONS --> Export tile data.  Ahi tu escojes si lo grabas en binario o codigo basic, yo prefiero basic para sprites. Pegas el codigo del sprite al Basiegaorxz
ACTIONS --> Pallette Data. Aqui copias el codigo de la paleta de BASIC tambien al Basiegaorxz
Luego creas un bmp de 16 colores y 320x200 maximo para el fondo
y en el imagenesis, 
MODE --> Drawing in the X...
ACTIONS --> Quantize now
ACTIONS --> Export tile data.  Aqui mejor en binario, ya que es mucho codigo Basic.
ACTIONS --> Pallette Data. Aqui copias el codigo de la paleta de BASIC tambien al Basiegaorxz
Supongamos que el sprite se llama "mario" y el fondo lo grabastes como "nivel1.img" pues deveria quedarte un codigo asi
 loadtiles nivel1,1000,1
 Pallettes nivel1_pal,0,0,16
 Drawtilesinc 1,0,3,40,25
nivel1_pal:
   DATAINT   $0EA0,$0EA0,$00EE,$004A,$0EEE,$0040,$00E0,$00A0
   DATAINT   $0EAE,$00AE,$0000,$0004,$0000,$0000,$0000,$0000
mario_pal:
   DATAINT   $0EA0,$0EA0,$00EE,$004A,$0EEE,$0040,$00E0,$00A0
   DATAINT   $0EAE,$00AE,$0000,$0004,$0000,$0000,$0000,$0000
nivel1:
   datafile nivel1.img,BIN
mario:
   DATALONG   $11111121   ' Tile #0
   DATALONG   $11111132
   DATALONG   $11111132
   DATALONG   $11111123
   DATALONG   $11111123
   DATALONG   $11111233
   DATALONG   $11111233
   DATALONG   $11111838
   DATALONG   $11122222   ' Tile #1
....etc
En realidad no es muy dificil, todo dentro del mismo archivo *.bex,  espero haber podido aclarar tu duda, si no dime, y puedes enviarme los archivos que quieres hacer, y te hago el codigo, asi es mas facil para verlo tu luego