Mi opinión es que según lo que nos describes, lo mejor es poner sendos chips con clip, que son sencillos de instalar, compatibilidad 100%, se actualizan poquísimo (solo cuando Nintendo saca algo nuevo) y de forma sencillísima (con un DVD). Menos líos, menos problemas.
Los niños pequeños "pasan" de usar Gecko OS o BL para no actualizar con los originales, ellos le dan al canal disco y si pone actualización la hacen y punto... además dices que no tienes mucho tiempo ni conocimientos para estar haciendo de servicio técnico continuo... sin duda, pon un chip.
En todo caso, como bien te dicen, SoftMii Vs Homebrew no tiene sentido, SoftMii es 1 aplicación Homebrew. Para cargar copias sin chip hay dos opción, con homebrew, o con chip, no hay más.
Si no quieres gastar dinero en un chip, entonces busca los hilos oficiales de todos los cargadores existentes y mira las carácterísticas, es cuestión de gustos.