LINEA TEMPORAL DE LA SAGA HALF-LIFE
El Imperio de La Alianza invade y toma control de Xen, y convierte todo el planeta en una raza esclava. Estos usan su tecnología para destruir los Xenianos. Hibridizan a las especies dominantes del planeta (En el caso de Xen, los Vortigaunts) y con su propia tecnología crean un “Súper Soldado” adaptado al clima de Xen y que usa poderosa tecnología avanzada. Estas tropas puede usarse para tomar fácilmente el planeta. Estos invasores de planetas, usan un miembro de la especie víctima como “lider” para controlar a las especies de forma acorde a los deseos de la Alianza. En el caso de Xen, este líder es Nihilanth. En el caso de la Tierra unos cuantos eones después,es Wallace Breen.
Se crean martillos golpeadores para ahuyentar a las Hormigas León y tambien se establece una especie de fabrica militar,La Ciudadela con arquitectura Xeniana,lleno de Vortigaunts esclavos.Dentro se crean los Aliens Grunts,que es el hibrido entre Vortigaunts y tecnologia de la Alianza y las maquinas sinteticas como por ejemplo, las Gargantuas.




En la Tierra, Gordon está estudiando para doctorarse en el M.I.T . En Black Mesa, tienen lugar pequeños experimentos de teletransporte. Bajo la supervisión de los investigadores Eli Vance y el Dr.Isaac Kleiner, se analizan cristales y organismos procedentes de Xen. La investigación ha comenzado.
La Secuencia de Resonancias,el acontecimiento que comenzó todo y cambió el mundo para siempre. Realmente, esto supuso la caída de toda la raza humana. La cascada de resonancias fué causada por ciertas muestras especiales que Breen seleccionó por orden de G-Man.

Black Mesa es el primer encargo “no oficial” de Gordon,obviamente él no sabe nada. G-Man se aseguró de que Gordon llevara el traje HEV y era el único que podría sobrevivir a la radiación y demás peligros. Black Mesa fue el examen de entrada de Gordon para G-Man.
El gobierno de EE.UU toma cartas en el asunto y envia a la sección especial del ejercito,los H.E.C.U,entre ellos Adrian Shepard,para eliminar tanto la amenaza alienigena como a todo el personal de Black Mesa,para que la verdad no salga a la luz.Tambien envian otra sección especial del ejercito formado por asesinos y asesinas de elite,llamado “Comando Negro”,manteniendo el mismo objetivo que los del H.E.C.U,menos en una cosa,cuando todo estuviese a punto de terminar,tenian el objetivo de eliminar a los H.E.C.U,ya que todos ellos habían visto tambien demasiadas cosas (Alienigenas,asesinatos,planes secretos del gobierno y su método para silenciar lo ocurrido matando personas inocentes),nadie debia de salir de Black Mesa con vida .
Durante el desastre,a parte de Gordon, Adrian Shephard y Barney Calhoun intentan sobrevivir como pueden,cada uno por sitios diferentes.

Durante estos sucesos,G-man salva a la pequeña hija de Eli Vance,Alyx,de una muerte segura,pero no es de interés para sus jefes y la deja con su padre.Azian,madre de Alyx y esposa de Eli,muere en el accidente.
Despues de muchas dificultades,Gordon Freeman mata a Nihilanth, liberando a Xen de la Alianza, y conociendo así estos la amenaza de la Tierra. Nihilanth era el líder de los Vortigaunts, y ahora estos son libres. Pero ahora, sin embargo,la Alianza han descubierto la presencia de Freeman en Xen y el portal por el que llegó. La Alianza pues, planean una invasión masiva de la Tierra.
Los portales entre Xen y la Tierra no se cerraron al final de Half-Life 1,siguieron abiertos a pesar de que el ejercito de EE.UU arrasara Black Mesa por bombarderos aereos.
Al final de Half-Life,G-Man da a Gordon a elegir entre su muerte o trabajar para él. Half-Life 2 asume que eligió la vida. Después de esta elección, G-Man le pone en un teletransportador-de-tiempo-lento (o lo criogeniza) para que esté disponible cuando sea necesario.

Black Mesa causó un tremendo efecto sobre el resto del mundo después de lo ocurrido en Half-Life 1. Los Aliens Xenianos de todos los tipos fueron teletransportados por todo el mundo. Entraron en las tiendas,invadieron las calles y carreteras,las comunicaciones se perdieron, se teletransportaron en piscinas y casas…El caos reinó en la Tierra.
Una enorme población se trasladó a ciudades protegidas por los ejercitos humanos de todos los paises y por altos muros, para escapar de los monstruos. Una sensación de seguridad cubrió a la gente de la Tierra, ya que podían al fin vivir sus vidas normalmente en las ciudades, mientras los aliens Xenianos seguían infestando el mundo exterior.
Usando los portales entre Xen y la Tierra como entrada,la Alianza asaltaron la Tierra, y usando las mismas técnicas que usaron en Xen, construyeron una súper-armada combinando el ADN de la especie dominante de la Tierra (Humanos) con la tecnología la Alianza.
La ciudadela principal es establecida en Ciudad 17, aunque otras ciudadelas aparecen en otras ciudades. Estas enormes estructuras colosales son hogar del centro de control de la Alianza. Las armadas son producidas aquí, junto con vehículos y armamento.La ciudadela establecida tiene ciertos parecidos con la que habia en Xen,por su arquitectura Xeniana.
Además del combate entre ellos,la Alianza y los Humanos eran acosados por los monstruos Xenianos que ya no estaban bajo el control de nadie. Los Vortigaunts que se quedaron atrapados en la Tierra,ya que estaban liberados se aliaron con los humanos, queriendo venganza contra la Alianza. Los headcrabs, como tales, se limitaron a atacar a cualquiera que encontraban. Otros muchos monstruos Xenianos como las Hormigas León, también encontraron su sitio luchando tanto contra la Alianza como contra los humanos.


En una guerra que solo duró siete horas, la Alianza aniquiló la Tierra y destruyeron las Naciones Unidas en la ciudad de Nueva York. El Dr. Wallace Breen, antiguo administrador de Black Mesa se encarga de conseguir la rendición de la Tierra, y la Alianza le recompensan convirtiéndole en Administrador de las tropas (bajo su completo control). Además, Breen es convertido en el líder de su especie(Como Nihilanth en Xen). Esto ayuda a propagar la mentira de que la esclavitud de los humanos es algo bueno porque nos permitirá evolucionar como nunca imaginamos. La mayoría de los centros de población de la Tierra son destruidos. La gente se va al campo, dispersándose en un intento de evitar la captura. Pequeños grupos rebeldes resisten.

Las ciudades cambian de nombre. Las ciudades que quedan aún sin destruir son llamadas Ciudad 1, Ciudad 2… Ciudad 17, Ciudad 27, etc y están bajo el control total de la Alianza, que están estableciendo una fuerte presencia sobre la Tierra.
Mientras tanto, todos los científicos de Aperture Science,el complejo cientifico subterraneo rival de Black Mesa, evacuan las instalaciones del complejo dejando abandonado toda la tecnologia experimental(arma de portales),pruebas,sujetos,etc,que se analizaba en el complejo.Tambien fué el momento en el cual G.L.A.D.O.S entra en locura y todo el personal de Aperture Science que no lograron escapar se quedaron encerrados,siendo el mismo complejo la tumba de todos ellos.Solo Chell al ser un sujeto experimental,sobrevive.
Finalmente,Chell destruye a G.L.A.D.O.S,destruyendo toda la sala por una gran explosión magnetica que la transporta hacia el exterior,es un misterio si ella sobrevive o no.

Wallace Breen reside en el piso superior de la Ciudadela de Ciudad 17, y trata de acabar con la rebelión. Parte de su plan es intentar un juego psicológico con los ciudadanos de la Tierra, asegurándose de que se muestren favorables a la toma del planeta por parte de la Alianza. De hecho, tenemos razones para creer que realmente cree en sus propias mentiras - está tan perturbado por el contacto con de la Alianza que realmente cree que la conquista de la Tierra es uno de los mayores intereses de la Humanidad.

Después de Las Tormentas de Portales, los humanos están inmersos en un caos,tanto que la mayoria le creen. Las fuerzas militares y de élite se aseguran de proteger las ciudades de los aliens del exterior, y de acabar con los temerosos y débiles humanos que continúan viviendo como pueden en ciudades arrasadas o puestos defensivos.Ravenholm,es atacada por la Alianza a traves de misiles que contienen varios tipos de Headcrabs e infectan la ciudad.Todos los rebeldes de ese pueblo minero,se convierten en zombis.

Se crea la unidad de Protección Civil(tanto de humanos como trans-humanos) encargada de mantener el orden público con mano dura,dentro de las ciudades,utilizando poderosas tácticas de vigilancia y control,en la que cualquier signo de oposición es cruelmente castigado,la mayoria de veces con la muerte o la tortura.
Aquellos humanos que no son adecuados para el combate o que no han sido ejecutados por oponerse a la sociedad de Breen, son convertidos en Acechadores,algo peor que la propia muerte.

La Alianza empieza algunas labores de transición. Primero, mediante un programa de procesamiento atmosférico, tratan de remplazar el aire de la Tierra por un nuevo tipo de aire, que difícilmente los humanos pueden respirar. En segundo lugar, activan un Campo de Supresión para evitar que los Humanos procreen. Además, ponen algo en el suministro de agua para que la gente comience gradualmente a olvidar el pasado y así colaboren con Breen y la Alianza. Finalmente, empiezan a drenar los océanos,lagos,rios y canales terráqueos. Estos hechos prueban que están preparando la Tierra para nuevos residentes.


Crear una revolución humana, es el primer encargo oficial de Gordon, y su segundo encargo bajo supervisión de G-Man. G-Man le saca del teletransporte-de-tiempo-lento para su nueva tarea. Una vez Gordon es descubierto, Breen convierte su captura o muerte una prioridad total para la Alianza y a la vez,una inspiración para la humanidad,de hecho,estos llaman a Gordon,"El Hombre Libre" o el "Hacedor del camino".Para la Alianza Gordon es declarado como el “Anticiudadano Uno”.
Gordon sigue evitando ser capturado y en Nova Prospekt,uno de los centros mas importantes para la Alianza, causa un grave daño a estos.
Esto desencadena un levantamiento armado de la humanidad,comenzando una rebelión mucho mayor que anteriormente,para plantar cara a la Alianza. El caos reina en Ciudad 17 cuando Breen y la Alianza tratan de terminar con la rebelión. La ciudadela entra en modo de alerta de combate y los soldados inundan las calles. Los Vortigaunts refugiados al ser aliados de la Resistencia,tambien empiezan a atacar a las tropas de la Alianza.El dia de la Libertad habia llegado.

Al final de HL2 has completado tu encargo, destruyendo tu diana, la Ciudadela en Ciudad 17: El trono de la Alianza en la Tierra. Por tanto, la tarea ha sido completada y Gordon vuelve al teletransporte-de-tiempo-lento, esperando su próximo encargo.

Justo en el momento en el que Gordon fuese puesto en estado de hibernación por haber completado su trabajo y por ser el más necesario,unos Vortigaunts rescatan a Alyx usando la misma habilidad que G-Man para congelar el tiempo y se la llevan al exterior de la ciudadela antes de que la explosión del reactor la alcanzase.Mas tarde,estos sacan a Gordon de su hibernación en presencia de G-man y sin este poder hacer nada y lo transportan a una ubicación cercana de Alyx. Ambos de estas cosas,como se ve, pasan contra los deseos de G-Man. Los Vortigaunts tomaron el mando de Gordon, bloqueando a G-Man el hecho de intevenir o observar a Gordon en su aventura mientras que los Vortigaunts lo sigan bloqueando.
La Alianza en la Tierra han perdido su principal método de comunicación con sus líderes del Supramundo. En un último esfuerzo, su decisión es la de destruir la Ciudadela para la creación de una gran energía y hacer crear un "super-portal". Este super-portal tendrá como objetivo el de que las fuerzas de la Alianza que quedan en la Tierra,que estan aisladas y abandonadas,puedan pedir refuerzos de alto nivel.Si el proceso se cumpliera y los refuerzos llegaran,daria lugar a la extinción inmediata de toda la humanidad,o si no,duras represalias.Mientras que el proceso de destrucción de la ciudadela se acelera,tanto los ciudadanos como las fuerzas combinadas de la Alianza,empiezan a evacuar la ciudad,ya que será arrasada en un acontecimiento destructivo colosal cuya magnitud no se podría calcular con certeza,solo que el radio de extensión será de muchos kilómetros.

Desafortunadamente para G-Man y sobretodo para La Alianza, Gordon y Alyx estabilizan el núcleo (o al menos, por unas horas) para permitir que mas ciudadanos puedan ser evacuados. Aunque,esto tambien hace de que la Alianza tenga mas tiempo suficiente para enviar su mensaje,evacuar a mas fuerzas combinadas,incluyendo a sus consejeros en vainas incubadoras.Alyx y Gordon roban de la ciudadela un paquete de datos muy importante.Este está compuesto por una serie de coordenadas exactas y las instrucciones para el funcionamiento del super-portal como una puerta de enlace para enviar tropas.Tambien reciben un mensaje en video de la doctora Mossman que contiene,coordenadas,fotos y planos de la ubicación del desaparecido carguero de Aperture Science,el Borealis. A bordo se cree que contiene un portal de tecnología mucho más avanzada que la de Black Mesa.

Despues de la explosión de la ciudadela,las tropas de la Alianza se reunen y avanzan recogiendo a los consejeros que están dispersos por toda la zona arbolada alrededor de las ruinas de Ciudad 17,ya que fueron evacuados de la ciudadela en vainas incubadoras voladoras. Como resultado de ello,el super-portal ya esta operativo y a la espera de que los refuerzos de la Alianza del otro lado,pasen por el portal y tomen el control de la Tierra.

Las fuerzas combinadas y por otro lado,Gordon y Alyx,se dirigen a un refugio rebelde llamado White Forest que con la ayuda de las coordenadas del paquete de datos que posee Alyx,las fuerzas rebeldes humanas con la ayuda del Dr.Eli,Kleiner y Magnusson quieren lanzar un cohete, que en concentración con los viejos satélites de Black Mesa lanzados hace más de 10 años durante la cascada de resonancias,serán capaces de cerrar el super-portal.Durante la travesia Alyx es herida de muerte y la llevan a una mina para curarla con un extracto larval que las Hormigas León guardan en sus reconditos nidos.Mientras los Vortigaunts la curan y estan ocupados,G-Man aprovecha la situación para poder contactar con Gordon diciendole que Alyx es su nueva titere y que la escolte a White Forest.Para G-man,Gordon ya no es de su importancia.
Después de un ataque masivo por parte de la Alianza a la base,el super-portal es cerrado,dandole a la humanidad,la oportunidad de acabar con las tropas de la Alianza restantes en la Tierra,aunque esto desemboca a que uno de los consejeros asesina al Dr Eli Vance,extrayendole información de su cerebro y con esto,la Alianza tiene un as en la manga,apoderarse del Borealis y utilizar su tecnologia de portales para pedir de nuevo refuerzos al Supramundo.En ese momento es cuando empieza una cuenta contrarreloj para que uno de los dos bandos,humanos y la Alianza,se apodere del Borealis.