¿Cómo integrar subtítulos en un archivo de vídeo MKV?

Casi todas las series ya ripean las versiones en 720P y el formato de vídeo en el que salen este tipo es MKV. Yo sé como se integran los subs con el VirtualDUB pero no me acepta este tipo de extensión.

¿Alguien sabe si existe algún tipo de añadido o plugin para el Virtualdub para que acepte los archivos MKV o algún otro programa que permita la integración de los subs en el vídeo a archivos MKV?

Salu2

EDITO

Me he bajado el VirtualDubMod que si que acepta los MKV pero me sale este mensaje en el programa:
[!] MKV: Video frames seems to be weirdly ordered.

[!] Couldn't locate decompressor for format 'ÿÿÿÿ' (unknown). VirtualDub requires a Video for Windows (VFW) compatible codec to decompress video. DirectShow codecs, such as those used by Windows Media Player, are not suitable. Only 'Direct stream copy' is available for this video.
Total patatas, el archivo lo coge pero al final me dice lo mismo, que no lo soporta. ¿Alguna idea?
Yo normalmente no uso los subtitulos incrustados, porq me gusta poder seleccionar la pista de audio y los subtitulos en ingles / español por separado. Por eso no sabria decirte, solo se me ocurre que intentes usar alguna herramienta de edicion de matroska, prueba aqui:

http://www.matroska.org/technical/guides/make/windows/index.html

salu2.
no uses virtualdubmod para matroska, esta desfasado
usa mkvtoolnix
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/
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