El limite te lo pone el PHP, debes editar la configuración del PHP (php.ini), cambia
upload_max_filesize = 8M y pon 32M o lo que tu quieras, puede pasar que al ser tan grande de timeout de script, entonces tienes que cambiar
max_execution_time = 30 al valor en segundos que quieras.
Si tienes acceso directo al servidor MySQL tal vez sea más fácil importar los datos directamente.