Gracias
Hero of Time. Ya está funcionando todo correctamente.
He probado tu rom parcheada tanto en emulador como con el Everdrive 64 y la he comparado con las roms NTSC y PAL de Nintendo 64, y he sacado unas cuantas conclusiones.
-Si jugamos en emulador, la versión superior es claramente tu Majora's Mask parcheado. 20 fps como rocas y a la velocidad original del juego. Me acabo de dar cuenta que la versión PAL de N64 no tiene la velocidad optimizada.
Por cierto, los settings correctos para que funcione sin problemas en Project64 1.6 son estos

Son los mismos que la rom original de Majora's Mask. Al aplicar el parche se recalcula el CIC, por medio del cual el emulador identifica la rom y le asigna los settings buenos. Como el CIC es diferente y no está en la lista del Project 64, se ponen unos settings por defecto.
-En Everdrive64 la cosa cambia.
La rom parcheada funciona a 20 fps pero he notado que se ralentiza con más facilidad que la original NTSC (incluso puede que más que la PAL de N64 también. Si alguien corroborarlo). La resolución de la rom parcheada es la misma que la de la NTSC, por lo que la PAL de Nintendo64 sigue teniendo ventaja en este sentido.
Así que para emuladores está claro que lo mejor es la rom parcheada y en el Everdrive 64 ya va por gustos.