Entonces sí, esa es la causa. Abre los archivos wbfs con un editor hexadecimal y verás el código del juego o busca el título del juego en cuestión en gametdb.com y también verás el código.
Para que el USB Loader GX te reconozca los juegos, tienes que:
1.- El nombre de cada juego debe ser su identificador. Por ejemplo, el New Super Mario Bros. PAL debería llamarse SMNP01.wbfs
2.- Cada juego en formato .wbfs irá dentro de una carpeta. A esa carpeta puedes llamarla como quieras, y el nombre que le pongas a la carpeta será el nombre que muestre el GX. Además, siempre al final del nombre debes dar un espacio y poner entre corchetes el identificador del juego. Por ejemplo, sería algo así para el New Super Mario:
New Super Mario Bros. Wii [SMNP01]/SMNP01.wbfs --> El nombre que mostraría el GX para este juego sería "New Super Mario Bros. Wii"
Perico el de los Palotes [SMNP01]/SMNP01.wbfs --> El nombre que mostraría el GX para este juego sería "Perico el de los Palotes"
Como ves, el nombre de la carpeta da igual, pero siempre debe llevar el identificador al final y coincide siempre con el nombre que debes ponerle al archivo .wbfs de su interior.
3.- Las carpetas con cada juego en su interior irán dentro de la carpeta wbfs de la raíz de tu HDD, por lo que la ruta final del Mario sería:
HDD/wbfs/carpeta_con_el_nombre_que_quieras [SMNP01]/SMNP01.wbfs
. Es muy potente 
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