Una de dos.... creo que no tiene que ver la configuración de la pantalla de la wii con los juegos de la cube... pero por si acaso revísalo en el menú de configuración de la wii.
Si estás utilizando el GCOS, te cargará el emulador a 60Hz.
Yo lo cargo directamente, es decir, siguiendo el tutorial que hay en la scene de gamecube para hacer dvd autoarrancables, poniendo como el Dol autoarrancable el emulador.
De todas formas, si utilizas roms de USA o JAP en 50Hz se ralentizarán, ya que están preparados para 60Hz, mientras que si usas PAL en 60Hz, van más rápido. Si no te funciona y te sigue cargando el emulador en 60Hz, utiliza los juegos USA, ya que la mayoría de los juegos de la mítica super nintendo tienen los textos de pantalla en inglés.
Saludos!!