Hay muchos programas que te hacen copias diferenciales a las cuales volver y tal, pero son copias brutas que yo al menos no recomendaría usarlas en / :S, hasta Ubuntu incorpora uno de serie (nunca recuerdo nombre

) y se espera que la propia gnome meta uno propio de una vez pues con el tema de la nube, sincronizar configuraciones y tal... se ve necesario ya

.
Mediante APT puedes volver a instalar una serie de paquetes facilmente, aunque no se mucho al respecto podrías hasta guardar también creo las versiones especificas de la paqueteria instalada... con lo cual seria tan fácil como provocar que un script te creara un backup de la paqueteria instalada antes de hacer un update ^^.
Si hiciste un cambio con paquetes puedes verlo seguramente en el gestor de paquetes (synaptic deja al menos), si te refieres a modificar un archivo de / :S, eso es mas jodido y peligroso, mejor llevar las cuentas de lo que tocas y tener siempre en el mismo sitio un BAK, asi en caso de problemas pues... restauras el .back (consola, live o como quieras) y ya esta ^^, algo tipico como cuando se toquetea el xorg.
Lo mas semejante a restaurar sistema para mi es usar fuse y semejantes para colocar la instalacion segura en solo lectura y solapar otras particiones en modo escritura pudiendo asi borrar el contenido de las que se pueden escribir teniendo el sistema de fabrica digamos (lo vi en los Xandros de los EEE y me encanto ^^, aunque no lo uso al ser demasiado trabajoso para mi ahora mismo con tanto trasteo seguido

).
Pero es un tema muy interesante y donde hay miles de posibilidades.