Cada juego tiene sus propias opciones, pero en general hay dos configuraciones independientes:
-La del juego.
-La de los controles.
En la configuración del juego es importante seleccionar el "tipo" de controlador que vamos a usar, lo explico a grosso modo, aunque luego se pueden usar wrappers y demás, pero básicamente funciona así :
--Xinput ==> Como su propio nombre indica, para controladores Xinput (básicamente de Xbox y compatibles).
--Dinput ==> Para mandos Dinput (los de Playstation, switch y demás irían aquí).
--Rawinput ==> Para teclado y ratón (las pistolas de luz como gun4ir, openfire y demás irían aquí también).
Una vez seleccionado el tipo de controlador que vais a usar en el juego, hay que ir a la configuración de los controles y configurarlo como en cualquier otro emulador.
No tiene mucho mas misterio, si necesitáis ayuda al configurar algún juego concreto os puedo echar un cable, pero ya os digo que no hay mucho más.