funcionar, funcionaria, pero ira mucho mas lento q en un hd-usb, ya q la escritura y lectura de un pendrive es muy limitada, ademas de q no te durara nada, de tanto escribir y leer... yo no pondria un SO en un pendrive, pero probarlo lo he probado, con un linux, el Fedora para ser exactos q es muy facil de instalar, ademas de q tiene almacenamiento persistente.
envez de ponerlo en un pendrive, prueba a instalarlo en un hd usb, te saldra mas rentable a la larga, ademas de q la velocidad aumentara significativamente respecto al pendrive...
saludos