Las ventajas del MKV son muchisimas. Aparte de tener muchisima recursividad, aprovechan mas el espacio. Mientras que un contenedor AVI con un h264 te podria ocupar 1,12 gb, en un matroska ese espacio podria reducirse a 1,07 por ponerte un ejemplo. Además, mkv es un contenedor adaptativo lo que quiere decir que esta en continua evolución. Sus creadores dijeron que aparte de poder contener multiples pistas de audio, video, imagenes y subtitulos, tienen pensado en un futuro implementar menus como si fuese un dvd o bluray. Hoy dia, el 85% del contenido HD de la red esta en este contenedor. Por algo sera. ¿¿Inconvenientes? que consumen un poco mas de recursos que un AVI, por ejemplo y no son compatibles con reproductores de compañias como arcsoft, intervideo o cyberlink, por lo que la aceleracion por hardware todavia es muy dificil implementarla para reproducir mkv.
P.D: No se porque quieres tener los subs por separado, puedes desactivarlos o hacer lo que quieras con ellos sin tener que tenerlos aparte. Un mkv no puedes reproducirlo con reproductores domesticos ( a no ser con el popcorn o alguno de los nuevos) asi que te va a dar igual tener los subs por separado. Ademas una ventaja del mkv es eso, tener los subs almacenados en el contenedor y poder hacer lo que quieras con ellos. Aparte de que si los tienes por separado, la reproduccion te va a consumir mas recursos todavia.
ADEMAS ->> No se que temporada de atlantis te estas bajando, pero todas tienen subs en castellano. Por lo menos la cuarta temporada en mkv tiene todos los subs en castellano... y la tercera y la segunda tb...
salu2.